Desde la aparición de la Copa de Ferias, el Bayern jugó por primera vez una competencia internacional organizada por la UEFA, la Copa de Europa de Campeones de Copa. ↑ UEFA, ed. (2008). «El Atlético sigue imparable en Europa». ↑ «Telmo Zarraonandia». Athletic Club. Solo Franz Roth se incorporó al club. En la final contra el Colonia, Bernd Rupp anotaría el 0:1 para el Colonia, mientras que Franz Beckenbauer empató a los 53′. Franz Roth había sido sustituido al 68′ por Edgar Schneider, quien lograría marcar al 118′ para darle el triunfo al Bayern. Estos últimos caerían en la final 2:0 con tantos de Roth y Müller al 71′ y 81′ respectivamente. Lattek condujo al equipo a conseguir el subcampeonato en la temporada 1969-70, donde Gerd Müller consigue por tercera vez el título de máximo goleador de la liga al anotar 38 tantos. La temporada 1971-72 fue un año récord para el club ya que se coronaron campeones con 55 puntos y 101 tantos anotados -40 de esos goles fueron anotados por Gerd Müller-.
El 28 de abril de 1962 nace una nueva era en el Bayern: en primer lugar, solo de forma provisional y por un año, Wilhelm Neudecker se hizo cargo del club. El Bayern terminó en tercer lugar en la división sureña ese año, pero el otro equipo de Múnich, el 1860 Múnich, había ganado el campeonato. En ese torneo se daría el primer gran triunfo del Bayern en el escenario europeo. Ese año el Bayern caería en la tercera ronda de la Copa de Alemania ante el Duisburgo, y en la liga solo alcanzarían el décimo lugar. El Bayern terminó la temporada en la tercera posición de la tabla detrás del Núremberg y el 1860 Múnich. Un joven Franz Beckenbauer ganaría además el premio al futbolista alemán del año. Maier, Beckenbauer y Müller conformaron el llamado «eje», que posteriormente llevaría al Bayern a la fama mundial. La Serie Mundial es la serie de campeonato anual de postemporada entre los dos mejores equipos de las divisiones de béisbol profesional de América del Norte, la Liga Americana y la Liga Nacional. En el entretiempo de la ida, el Dinamo ganaba por 3:2 en Múnich, pero el Bayern daría vuelta al marcador para ganar 4:3. Dresde tenía una buena posición de cara al partido de vuelta, sin embargo, el Bayern ya estaba delante del marcador 2:0 tras doce minutos con dos goles de Uli Hoeneß.
Posteriormente vino el duelo alemán ante el Dinamo Dresde. En la Copa de Ferias se enfrentó en primera ronda a Sarpsborg FK al que derrotó por 0-1 y 5-0. En la siguiente ronda su rival fue Dinamo Dresde al que derrotó en Elland Road por 1-0 clasificándose a por el valor doble de los goles al perder en la República Democrática Alemana por 2-1. En octavos de final se enfrentaron a Sparta Praga al que derrotó en Inglaterra 6-0 y en Checoslovaquia 2-3. En cuartos de final su rival fue Vitória FC al que derrotó 2-1 en Inglaterra y empató a 1 en Portugal. En su primera temporada de la Bundesliga el Bayern disputó el derbi ante el 1860 Múnich perdiendo con marcador de 0:1. Posteriormente en el partido de vuelta, el Bayern logró ganar 3:0, dándole el tercer lugar en la tabla. Como la Asociación Alemana de Fútbol prefería no incluir dos equipos de una misma ciudad, el Bayern no estuvo seleccionado para la Bundesliga. Fue la única vez en la historia de la Bundesliga que ambos clubes de Múnich finalizaban la liga ocupando los primeros tres puestos de la tabla.
Bayern llegó a la final como una completa sorpresa tras dejar en el camino a clubes como el Tatran Prešov de Checoslovaquia, Shamrock Rovers de Irlanda, Rapid de Viena de Austria, y Standard de Lieja de Bélgica. Gerd Müller conseguiría de nuevo el premio como máximo goleador, pero esta vez no solo sería el goleador de la copa, sino de toda Europa. En la temporada siguiente el Bayern se mantuvo una vez más en el segundo lugar detrás del Borussia Mönchengladbach. La temporada siguiente el Bayern nuevamente se consagraría campeón, esta vez liderando desde la primera hasta la última de las jornadas, con 11 puntos de ventaja ante su perseguidor, el Colonia. La última temporada en la que participó en estos play-off, fue en la temporada 2018-19, camiseta del chelsea 2024 siendo eliminado en la primera eliminatoria por el conjunto alicantino del Hércules. Emana en la wiki sobre el Betis (enlace roto disponible en Internet Archive; véase el historial, la primera versión y la última). Entre ellos el Arsenal FC quien adoptó el rojo después de que el Forest les donara unas equipaciones y un balón a petición de Fred Beardsley y Morris Bates, exjugadores del Forest que entonces trabajaban en Woolwich, camiseta chelsea 24/25 ya que el Arsenal no pudo encontrar ninguna equipación con la que jugar al ser el único club de la zona.
