Después de un segundo lugar en 1990-91, el equipo solo obtuvo cinco puntos más que descendidos en 1991-92. En la temporada de 1992-93, el Bayern perdió en la Copa de la UEFA en la segunda ronda contra el Norwich City -único equipo inglés que le ha derrotado en su antiguo estadio, el estadio Olímpico de Múnich-. Antes de comenzar la temporada 2005-06, el Bayern se mudó del estadio Olímpico de Múnich al nuevo Allianz Arena de su propiedad, el cual para entonces compartió con el club 1860 Múnich. Finalmente el Bayern acabó nuevamente la temporada sin títulos, al perder las finales de Copa -5:2 ante el Borussia Dortmund- y Liga de Campeones -por penaltis-. En Europa, el Bayern no podría pasar de los cuartos de final de la Liga de Campeones de la UEFA 2016-17 al ser eliminado nuevamente por el Real Madrid en otra edición de «el clásico europeo», cortando así el hito de haber estado en cinco semifinales consecutivas de dicho torneo. No obstante cerca de finalizar el partido lograron vencerlos con marcador de 2:1. El 22 de septiembre, Robert Lewandowski fue autor de los cinco tantos con los que el Bayern derrotó al Wolfsburgo en un partido válido por la liga.
En las semifinales Liga de Campeones de la UEFA 2015-16, el club cayó derrotado -por tercera vez consecutiva en esa instancia y nuevamente ante un equipo español- al saldar una derrota 0:1 y una victoria 2:1 ante el Atlético de Madrid -logrando estos últimos el pase a la final por el gol de visitante-. Después de la primera ronda, el equipo dejó marca de 15 victorias y 46 puntos, siendo esta la quinta vez que el Bayern lideraba la primera vuelta de forma consecutiva, consiguiendo además ocho puntos sobre su más cercano perseguidor: el Borussia Dortmund. Guardiola culmina con la conquista de la Copa de Alemania 2015-16, venciendo en la tanda de penaltis al Borussia Dortmund, logrando así otro doblete. La temporada 2012-13 empezaba con buen pie, al vencer por 2:1 al Borussia Dortmund, camiseta chelsea amarilla en la Supercopa de Alemania. El 16 de enero de 2013, se hizo oficial la contratación del español Pep Guardiola para la temporada 2013-14 como nuevo entrenador hasta 2016 -ya que Heynckes había anunciado su retiro al final de esa temporada-.
El «veterano» entrenador Jupp Heynckes -que llevó al Bayer Leverkusen al subcampeonato en la 1. Bundesliga 2010-11- sería otra vez el nuevo entrenador del Bayern para la temporada 2011-12, la cual sería su tercera etapa al frente del club. El 6 de octubre la directiva del club confirmó el regreso de Jupp Heynckes hasta el final de temporada iniciando así su cuarta etapa como entrenador del Bayern. Durante la temporada 2008, fue cedido a Huracán de la Primera División de Argentina. Durante este tiempo los jugadores del Bayern aparecían a menudo en las páginas de la prensa rosa en vez de las páginas deportivas, dando por resultado que lo apodaran el «FC Hollywood». El excentrocampista -que jugó para el club desde 1998 a 2007- asumió el puesto que había estado vacante durante más de un año desde la dimisión de Matthias Sammer. Un día después, Willy Sagnol -quien para el momento se desempeñaba como segundo entrenador- asumió las riendas del club de forma interina. En marzo, el técnico serbio fue cesado y Amorrortu volvió a hacerse cargo del equipo, que cosechó la peor clasificación de su historia en liga hasta ese momento al acabar en decimoquinta posición.
Un día más tarde, el exdirector técnico del PSV Eindhoven Stan Valckx se unió al Shenhua en la misma posición. Desde noviembre de 2021 es entrenador del Shelbourne F. C. de Irlanda. Luego del empate a principios de diciembre con el recién ascendido West Bromwich Albion, el equipo dirigido por Pep Guardiola, comenzaría una racha de 21 partidos ganados de forma consecutiva, con victorias contundentes ante el Arsenal, Chelsea y Tottenham Hotspur, entre otros, siendo la más destacada de todas las victorias en semifinales de la Copa de la Liga de Inglaterra 2021 contra el rival de ciudad, el Manchester United, por un marcador de 0-2, con goles del central inglés John Stones, y del mediocampista brasileño Fernandinho. En el año 2000, problemas con su permiso de residencia en España, le obligaron a trasladarse a Francia, donde fichó para las categorías inferiores del Toulouse FC, logrando acceder al primer equipo bastante rápido. Copa de Europa», y anotaría al 57′ el único gol del partido ante el Saint-Étienne para ganar por tercera vez la Copa de Campeones de Europa. Este título, junto con la Copa del Rey y la Liga de Campeones convirtió a los azulgrana en el primer equipo de España -y el quinto de Europa- en lograr el triplete.
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