Tras un segundo puesto en su debut en primera división, la Federación Universitaria consiguió su primer título en 1929. Un dato relevante de esta etapa conducida por la FPF fue el primer tricampeonato de la historia del fútbol peruano, obtenido por el Club Alianza Lima al conquistar los títulos de 1931, 1932 y 1933. En 1934, Universitario de Deportes obtuvo su segundo título. O del Everton Football Club y el Liverpool Football Club en la temporada 2004-05, venezia camisetas en idéntica situación. La creación de la FPF calmó los problemas existentes en el balompié peruano y tomó la posta a la Liga Peruana de FootBall (LPFB) en la conducción de los torneos de clubes, camiseta croacia que a partir de 1926 se reiniciaron con la adición de los equipos de la Liga del Callao. Muestra de este hecho, la temporada 2002-03 el Athletic Club logró proclamarse campeón de liga en el estadio de San Mamés ante 35.000 espectadores. En cuanto a la peor actuación de un campeón a la temporada siguiente fue el Athletic Club quien tras vencer en la temporada 1942-43 finalizó al siguiente curso en décima posición, a dos puntos de la eliminatoria de descenso a Segunda División. Para ser presidente debe ser ecuatoriano, residir en territorio nacional y haber sido presidente de un club.
El presidente representa legalmente a la Federación Ecuatoriana de Fútbol. En 1928, la Federación aumentó el número de equipos a diecinueve y los separó en dos grupos, de los cuales avanzaron cinco equipos al grupo final del cual salía el campeón de la liga. Segunda División por la Liga Nacional de Fútbol Profesional al haber incumplido el reglamento de control económico. El primer campeón del torneo profesional fue el Sport Boys, que logró su cuarto título en la historia. Algunos sostienen que el campeón debió ser Alianza Lima, mientras que otra posición sostiene que el título corresponde a Universitario de Deportes. Al respecto, existe una controversia sobre el equipo a quien debió otorgarse el título de ese año. Wikimedia Commons alberga una categoría multimedia sobre Federación Ecuatoriana de Fútbol. La finalidad de la Federación es promover, dirigir, administrar y controlar la práctica del fútbol aficionado y profesional, de acuerdo con su estatuto, las normas reglamentarias que rigen esta disciplina y los reglamentos deportivos internaciones.
El fútbol femenino cuenta con pocos clubes semiprofesionales que compiten en la Serie A Femenina de Ecuador y algunos amateurs en la Serie B Femenina de Ecuador. Esta categoría cuenta con pocos clubes profesionales y semiprofesionales, siendo en su gran mayoría, clubes amateurs de corta actividad deportiva. La Asamblea de Bases es el órgano supremo de la FPF y está constituida por los clubes profesionales de fútbol y por las veinticinco ligas departamentales. Tiene como atribuciones: ejecutar las decisiones de la Asamblea y del Comité Ejecutivo, velar por el funcionamiento de los órganos internos, supervisar las relaciones con los miembros, la FIFA y la Conmebol, presidir la Asamblea y el Comité Ejecutivo, y hacer acuerdos. La Asamblea de Bases: Está integrada por todas las federaciones regionales del país y además por un representante de la segunda división de fútbol y uno de cada equipo profesional que participa en el campeonato descentralizado. Lima y la Provincia del Callao, los torneos dejaron atrás la etapa amateur iniciándose el fútbol profesional organizado por la Asociación Central de Fútbol (ACF). Aprueba las bases de los campeonatos de fútbol aficionado y no aficionado.
Además se disputan campeonatos de fútbol sala, por clubes amateurs masculinos y femeninos. Finalmente, en 1962, la Asociación Central de Fútbol dio paso a la Asociación Deportiva de Fútbol Profesional (ADFP) en la organización de los torneos de fútbol en el Perú, la cual desde 1966 introdujo los campeonatos descentralizados, que incorporaron a clubes de todo el país, rompiéndose así el centralismo que había predominado desde la fundación en 1912. La FPF, si bien dejó de organizar estas competiciones, siguió teniendo injerencia por medio de su Comisión de Justicia, que hasta la fecha constituye la última instancia en la resolución de conflictos relacionados con los torneos de fútbol profesional peruano. Sin embargo, tras 4 años en la presidencia de la federación, Oviedo fue arrestado por nexos de corrupción en el norte del Perú, y asumió el vicepresidente de su lista, el político Agustín Lozano. La Federación Peruana de Fútbol (FPF) es la máxima entidad de fútbol en el Perú, y le corresponde la representación internacional tanto de su selección como de su liga y todas sus divisiones de fútbol. Página oficial de la Federación Ecuatoriana de Fútbol Archivado el 20 de marzo de 2020 en Wayback Machine. Al margen de esta discusión, la Federación Peruana de Fútbol y la Asociación Deportiva de Fútbol Profesional del Perú reconocen oficialmente a Universitario como el campeón de 1934. En 2013, Alianza Lima realizó un reclamo formal a la Federación Peruana de Fútbol para rectificar el palmarés, sin respuesta formal actualmente.
